Le origini di Montagnana risalgono ad un millennio avanti Cristo, e vennero confermate, nel 1946, dalla scoperta di una piccola necropoli paleoveneta durante i lavori di sistemazione del Prato della Valle. Una pregevole stele e numerose tombe del primo secolo d.C., scoperte nel 1974, testimoniano dell'importanza del Forum Alieni — odierna Montagnana — in epoca romana augustea. Rinnovato splendore ed importanza tornò ad acquisire nell'Alto Medio Evo quale "caput scodesciae" e dominio primario di quella famiglia di legge longobarda che, a partire dal 1165, si chiamò d'Este. La città di Montagnana presa e distrutta da Ezzelino da Romano nel 1242, venne dal medesimo tiranno riedificata (castello con mastio di S. Zeno). Passò quindi sotto la signoria del libero Comune di Padova, e poi della famiglia dei Carrara, erigendosi a piazzaforte contro gli Scaligeri.

Nel 1405 Montagnana si diede a San Marco, e nei primi anni del secolo successivo, durante il fortunoso periodo delle guerre di Cambrai, cambiò padrone per ben tredici volte. Dopo la fine della Serenissima passò sotto la giurisdizione del Regno d'Italia napoleonico e quindi dell'Impero austriaco. Venne unita al Regno d'Italia nel 1866.